Mehr als drei Jahrzehnte, nämlich von 1975 bis 2007 war Josef Müller als Lehrer am Gymnasium Gars tätig. Neben seinem Unterricht übernahm er zunächst die Fachbetreuung Sport und später dann für Biologie. In Ausübung dieser Funktion baute er die biologische Sammlung des noch recht jungen staatlichen Gymnasiums auf. Dabei nutzte er z. B. den Kontakt zu Präparatoren, kam aber auch zu Anschauungsmaterial, das am Münchner Flughafen wegen des Verstoßes gegen das Artenschutzabkommen beschlagnahmt worden war. Zu den ausgestopften oder anderweitig konservierten Tieren gesellten sich in der Sammlung durchaus auch lebende: Gespenstheuschrecken, Maikäfer, Regenwürmer und dergleichen. Dabei ging es ihm auch darum, Vorurteile gegenüber bestimmten Tiergattungen abzubauen, insbesondere gegenüber den Reptilien. Zweimal hat er eine große Ausstellung von Schlangen und anderen Reptilien und sogar von Vogelspinnen in die Schule geholt. Unsere Schülerinnen und Schüler waren dann z. B. verblüfft, wie sich eine Riesenschlange anfühlte, und so entwickelten sie Offenheit auch gegenüber diesen Tieren. Damit wurde das wohl wichtigste Ziel des Biologen Josef Müller erreicht, die Liebe zur Natur und ihren zahlreichen Geschöpfen zu wecken.
Josef Müller nahm seine Wissenschaft sehr ernst und eine niveauvolle Ausbildung und gute Leistungen der Schülerinnen und Schüler, vor allem auch der Kollegiatinnen und Kollegiaten lagen ihm sehr am Herzen. Manch einer wird von ihm im Hinblick auf seine eigene berufliche Laufbahn geprägt worden sein. Dabei war er bis in seine letzten Unterrichtsjahre auch immer Neuerungen gegenüber aufgeschlossen, so z. B. auch gegenüber dem neu eingeführten Fach Natur und Technik. Auch hier war er maßgeblich an der Erweiterung und Entwicklung eines Konzeptes für dieses experimentell orientierte Fach sowie der notwendigen Erweiterung der Sammlung beteiligt.
Als Kollege und Fachbetreuer trug er wesentlich dazu bei, in den Fachschaften eine ganz besondere Atmosphäre zu schaffen. In den Arbeitsräumen der Biologie, immer etwas abgeschieden, herrschte stets ein freundschaftlicher, humorvoller Umgangston, den alle „Neuen“ übernommen haben. So entstand ein kameradschaftliches Arbeitsklima, in das junge Kollegen sofort eingebunden wurden, wo sie Rat und Hilfe fanden, wo aber auch ihre Anregungen gern gehört wurden. Man kann sagen, dass Josef Müller für manch einen zu einem väterlichen Freund wurde.
Auch mit der Pflege und Weiterentwicklung des Schulgartens war er über die Jahre immer wieder beschäftigt und dabei sehr bemüht, Schüler aller Jahrgangsstufen mit einzubinden. Der frühere Schulgarten mit Obst, Gemüse und Pflanzen aller Art wurde liebevoll gepflegt. Das Areal um dem Teich, Heimstatt von Molchen, Fröschen und Libellen, war für Generationen von Schülern ein Ort des Rückzugs und der Ruhe. Josef Müllers Ideen eines idealen Schulgartens werden sicher auch im neuen Biotop, das hinter dem neuen Hauptgebäude entstehen wird, weiterleben.
In der Zeit, in der er die Fachbetreuung für Sport innehatte, kam sein Hang zur Perfektion bei der Organisation von Sportfesten der Schule sehr zugute, seine Ideen und seine Kreativität bereicherten diese Veranstaltungen und auch unzählige Schikurse am Gymnasium Gars. Immer Ruhe und Freundlichkeit ausstrahlend, waren seine Fairness und seine Kameradschaftlichkeit ein Vorbild für Generationen von Schülern. Obwohl eigentlich ein Tenniscrack, war er auch eine unentbehrliche Stütze der Lehrer-Volleyball-Mannschaft. Als „Turm in der Mitte“ bildete er die Seele des Teams, das mit ihm sogar Oberbayerischer Meister wurde.
Seine Tätigkeiten beschränkten sich jedoch nicht nur auf die beiden Unterrichtsfächer. Dass ihm die Schule und die Schulfamilie in ihrer Gesamtheit ein großes Anliegen waren, bewies Josef Müller mit der Organisation und Gestaltung aller Schulfeste nach Konzerten und Theateraufführungen. Er kümmerte sich tatkräftig um die Anschaffung der dafür notwendigen Ausstattung, von Biertischgarnituren über Besteck und Geschirr bis hin zu Gasgrills und strohgedeckten Buden für die Sommerfeste und den Weihnachtsmarkt. Dass die Schulfamilie des Gymnasium Gars immer gern zusammenkommt zu all solchen – momentan so sehr vermissten – Feiern, ist in ganz erheblichem Maße ihm zu verdanken. Lange leistete er den jungen Kollegen, die ihn als Leiter des Bewirtungsteams abgelöst haben, bereitwillig Unterstützung und sorgte so für Kontinuität und die Begründung einer Tradition. Gerade wegen dieses Engagements war er einer der Kollegen, die das besondere Schulklima am Gymnasium Gars auf bemerkenswerte Art und Weise und dauerhaft geprägt haben.